Salud

Logran predecir el comportamiento de bacterias individuales

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Escrito por Marcos Merino

El superordenador Blue Waters y un modelo informático desarrollado por la Univ. de California ayudan ahora predecir resultados de experimentos.

Las reacciones de las células vivas son consecuencia de la compleja interacción de innumerables genes, enzimas y proteínas, por lo que intentar predecirlas puede antojarse como una tarea imposible. O, al menos, eso cabía esperar antes de la era de los algoritmos y los superordenadores. Por ello, un grupo de investigadores de la Universidad de California se ha puesto manos a la obra para desarrollar un modelo informático capaz de predecir el ‘comportamiento’ de una única célula de Escherichia coli, una bacteria que vive en nuestro intestino y que resulta fundamental para el correcto funcionamiento del proceso digestivo.

Para ello, los investigadores han tenido que poner en marcha una simulación sin precedentes en lo que respecta al volumen de datos involucrados: más de 4.389 perfiles de expresión génica y proteica a través de 649 condiciones diferentes. Se utilizaron técnicas de machine learning para integrar los diferentes niveles de datos, y se invirtieron en procesarlos dos de los tres años que ha durado el proyecto. El superordenador Blue Waters del National Center for Supercomputer Applications, uno de los más potentes del mundo, ha sido el elegido para construir el modelo el clústers de computadoras de la Univ. de California.

El modelo podría ser la base de un método rápido y barato para la predicción de las reacciones de microorganismos en experimentos específicos. En lo que a precisión se refiere no sería tan efectivo como realizarlos, claro, pero sí ayudaría a los científicos a elaborar sus hipótesis. Además, los responsables de esta investigación han decidido que tanto el dataset usado (denominado ‘Ecomics’) como el modelo informático (denominado MOMA, de ‘Multi-Omics Model and Analytics’) estén a disposición de otros investigadores.

El líder del equipo, el profesor de computación Ilias Tagkopoulos, confía en poder aplicar modelos similares a otras bacterias que, al contrario que la E. coli, estén implicadas en el desarrollo de enfermedades. “Estamos viviendo tiempos interesantes para [los que trabajamos] en la intersección de computación, ingeniería y biología”, explica.

Vía | UC Davis

Sobre el autor de este artículo

Marcos Merino

Marcos Merino es redactor freelance y consultor de marketing 2.0. Autodidacta, con experiencia en medios (prensa escrita y radio), y responsable de comunicación online en organizaciones sin ánimo de lucro.